Les stations de contrôle sont généralement situées au niveau de dispositifs de franchissement équipant des obstacles à la libre circulation. Elles permettent de comptabiliser les effectifs de poissons qui franchissent ces ouvrages.

Sur le bassin Gironde-Garonne-Dodogne-Charente-Seudre, MIGADO gère les 8 stations de contrôle pérennes, localisées sur la Garonne à Golfech, Le Bazacle, Carbonne et Camon/Pointis, sur la Dordogne à Tuilières et Mauzac, sur la Dronne à Monfourat et sur la Charente à Crouin.

Deux types de contrôle sont réalisés :
Le contrôle par vidéo : une vitre spécialement aménagée au niveau du système de franchissement permet de visionner et d’enregistrer les passages de poissons à l’aide d’une caméra reliée à un système d’enregistrement informatique automatique.

Le contrôle par le piégeage : il consiste à capturer les poissons dans un dispositif approprié installé dans la passe à poissons et à en effectuer manuellement le dénombrement avant de les relâcher en amont. Le dénombrement se fait soit par vidange du système de franchissement, soit par relève d’une cuve de piégeage. Le bassin de la Garonne a la particularité de disposer à la fois d’une station de piégeage à la montaison (Carbonne) et à la dévalaison (Camon/Pointis), cette dernière permettant de récupérer des smolts issus de la reproduction naturelle et des opérations de repeuplement réalisées sur le bassin amont de la Garonne.

A Crouin, le département de la Charente a confié le suivi scientifique de la station de comptage à la Cellule Migrateurs (EPTB Charente, MIGADO, CREAA) dont les modalités sont définies dans une convention. Le suivi des migrations se fait grâce à un système de vidéo-contrôle installé sur le site et permettant de comptabiliser toutes les espèces en migration de montaison ou de dévalaison.